高原训练对提高运动员的生理机能及运动能力带来了诸多好处，但长期高原缺氧刺激也会对机体产生不利的影响。

（1）平原、高原之间的往返需耗时来适应。平原人参加高原训练要经历从平原→高原→平原两次外环境的转换，内环境如在血液酸碱平衡方面受环境转换的影响，需要重新适应外环境而作出调整，理论上会影响神经系统的正常运作，这需要花费一定的时间才能恢复到正常的适宜状态。

（2）血液浓缩造成循环阻力加大。高原期间，由于红细胞、血红蛋白增高，以及通气量大、空气干燥等因素造成身体相对脱水及血浆容量下降，引起血液的粘滞度增高，导致血流变慢，循环阻力增加，从而对组织的氧供应不利。

（3）对肌肉代谢的影响。高原期间，能量代谢中琥珀酸脱氢酶受缺氧的影响而有所下降，由此影响到肌肉的质量，如肌纤维横切面减小，这些组织结构上和生化的变化在运动能力上的表现是肌肉力量的丢失。

（4）高原由于空气稀薄，氧分压（PO₂）较低，训练强度难以恰当控制，而且产生的疲劳不易完全恢复，易造成过度疲劳或运动损伤。

（5）高原训练后下高原时机控制较难。虽有一般原则，但由于训练量及强度、运动员水平、海拔及个体差异，下高原参赛时机仍难以准确把握。

（6）由于客观环境和训练的影响，在高原训练中更易发生感冒、肠胃功能紊乱，甚至出现受伤、血尿、心电图异常等现象。（马福海）